Λίγα χρόνια μετά την απελευθέρωση του Αλμυρού και την ενσωμάτωσή του στην Ελλάδα, μια ομάδα Αλμυριωτών με προεξάρχοντα τον Νικόλαο Γιαννόπουλο ίδρυσαν την Φιλάρχαιο Εταιρεία Αλμυρού. Έργο αυτής της εταιρείας ήταν και το Μουσείο Αλμυρού το οποίο άρχισε να λειτουργεί από το 1930.

Το μουσείο ως κτίριο στο πέρασμα του χρόνου υπέστη πολλές φορές καταστροφές, ενώ δύο φορές ήλθε ως θέμα στο Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο (ΚΑΣ) με πρόταση την κατεδάφισή του.

Τελικά, τον Αύγουστο του 1986 με ομόφωνη γνώμη των μελών του Κεντρικού Συμβουλίου Νεότερων Μνημείων χαρακτηρίζεται «Έργο Τέχνης»,  επισκευάζεται από τις ζημιές του σεισμού του 1981 και αρχίζει να λειτουργεί ξανά.

Στις αίθουσες του είναι εκτεθειμένα ευρήματα από την ευρύτερη περιοχή της Νοτιοδυτικής Μαγνησίας και καλύπτεται ένα εύρος χρόνου που ξεκινάει από την Πρώιμη Νεολιθική εποχή. Σε μια από τις αίθουσές του φιλοξενείται και η περίφημη βιβλιοθήκη της Φιλάρχαιου Εταιρείας.