Στις προθήκες του Μουσείου παρουσιάζονται συλλογές κοχυλιών από τη θαλάσσια περιοχή αλλά και από τις θάλασσες όλου του κόσμου. Εκτίθενται ακόμη θαλάσσιοι οργανισμοί όπως καβούρια, αχινοί, κοράλλια κ.λ.π.
Με κείμενα, σχέδια και φωτογραφίες μπορεί ο επισκέπτης να πληροφορηθεί για τη βιολογία τους, την ανατομία τους και την οικολογία τους. Σε μια ξεχωριστή προθήκη θα ενημερωθεί για τη σχέση ανάμεσα στο κοχύλι και τον άνθρωπο από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα. Παράλληλα δίνονται στοιχεία για την γεωλογική εξέλιξη της περιοχής.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τους μικρούς και τους μεγάλους επισκέπτες παρουσιάζει το ειδικό τμήμα που είναι αφιερωμένο στη σπογγαλιεία. Η συλλογή περιλαμβάνει φωτογραφικό υλικό, σφουγγάρια και εργαλεία σπογγαλιείας όπως καγκάβα, σκανδαλόπετρα και τον πλήρη εξοπλισμό κατάδυσης με σκάφανδρο, που αποτελείται από την στολή (φόρεμα), περικεφαλαία σκάφανδρου, χάλκινο θώρακα, παπούτσια, βαρίδια, αεραντλία, μαρκούτσι και κολαούζο, μηχανή τροφοδοσίας αέρα, πυξίδα κ.α. ξεδιπλώνουν στα μάτια του επισκέπτη την εξέλιξη της σπογγαλιείας στην Ελλάδα και σε ολόκληρο τον κόσμο.
Το Μουσείο συμβάλλει στη ευαισθητοποίηση των μαθητών και αποτελεί έναν κατάλληλο χώρο για την περιβαλλοντική εκπαίδευση έξω από το σχολείο. Έτσι ο χώρος ενδείκνυται για οργανωμένες εκδρομές και ξεναγήσεις σχολικών ομάδων με περιβαλλοντικά ενδιαφέροντα.