Μετά τη Βυζαντινή εποχή, για λόγους κυρίως πειρατικών επιδρομών, η πόλη του Αλμυρού χτίστηκε στη σημερινή θέση. Βέβαια, δεν είναι γνωστή η ακριβής χρονολογία που δημιουργήθηκε η πόλη στη σημερινή θέση, σίγουρα όμως δεν δημιουργήθηκε αμέσως μετά την κατάκτηση της περιοχής από τους Τούρκους. Από επιτύμβιες στήλες που έχουν βρεθεί, η παλαιότερη ημερομηνία ανάγεται στα 1600 μ.Χ., η πόλη όμως σαφώς είναι προγενέστερη. Η περιοχή του Αλμυρού κατακτήθηκε από τους Τούρκους πρώτα το 1396, αλλά η δεύτερη και οριστική υποταγή του έγινε το 1414.
Στην μεγάλη ελληνική επανάσταση του 1821 οι Αλμυριώτες έλαβαν μέρος με πολλά παλληκάρια. Δυστυχώς όμως, σύμφωνα με την υπογραφή του Πρωτοκόλλου του Λονδίνου (28 Ιανουαρίου – 3 Φεβρουαρίου 1830), με το οποίο η Ελλάδα αποκτούσε την ανεξαρτησία της, τα όρια του νεοσύστατου κράτους έφθαναν προς βορρά μέχρι την οροθετική γραμμή Αμβρακικού-Παγασητικού κόλπου. Ο Αλμυρός παρέμεινε υπό την τουρκική κατοχή, ενώ η Σούρπη συμπεριλήφθηκε στην ελεύθερη Ελλάδα. Τα όρια, δηλαδή, του Ελληνικού κράτους έφθαναν έξω από τον Αλμυρό, στον χείμαρρο Σαλαμπριά, δίπλα στον Τουρκικό Αμυντικό Στρατώνα (Κισλάς).
Στην υπόδουλη Θεσσαλία εκδηλώθηκαν πολλά επαναστατικά κινήματα που όμως απέτυχαν, κυρίως επειδή δεν υποστηρίχθηκαν από το ελληνικό κράτος λόγω πιέσεων από τις Μεγάλες Δυνάμεις. Στον Αλμυρό τα σπουδαιότερα ήταν:
1. Το κίνημα του 1840 υπό τον θρυλικό Αλμυριώτη Ιωάννη Βελέντζα και τους δίδυμους γιούς του Θρασύβουλο και Αχιλλέα. Αυτό το κίνημα είχε μεγάλο αντίκτυπο στην Ευρώπη και έφερε την Ελλάδα στα πρόθυρα πολέμου με την Τουρκία.
2. Το αντίστοιχο του 1848, στο οποίο συμμετείχαν πολλοί παλαίμαχοι αγωνιστές του 1821.
3. Η κίνηση κατά το έτος 1854, όταν οι συνθήκες ήταν πιο ευνοϊκές, αφού σιωπηρώς υπήρχε από την Ελλάδα βοήθεια. Τότε έγινε και η μάχη του Πλατάνου, στις 13 Μαρτίου 1854, από τις σημαντικότερες νικηφόρες του αγώνα, κατά την οποία οι Τούρκοι υποχώρησαν με πολλές απώλειες.
4. Το κίνημα του έτους 1878, υπό τον Θρασύβουλο Βελέντζα. Εδώ οι οπλαρχηγοί κατέλαβαν τον Πλάτανο στις 6-2-1878 και συγκρότησαν Κυβέρνηση της Επαναστατικής Περιφέρειας του Αλμυρού, διεξάγοντας δύο σημαντικές μάχες, του Πλατάνου και της Ιεράς Μονής Ξενιάς.
Το τίμημα που πλήρωσαν οι Αλμυριώτες για την συμμετοχή τους στα επαναστατικά κινήματα ήταν βαρύτατο σε ανθρώπινες ζωές, καταστροφές αμάχων, σπιτιών, περιουσιών. Οι πόθοι των Σκλαβωμένων Ελλήνων δικαιώθηκαν με το Συνέδριο του Βερολίνου, το 1878, η ισχύς των αποφάσεων του οποίου κατοχυρώθηκε με τη λήξη των εργασιών του, δηλαδή το 1881, οπότε η Θεσσαλία προσαρτήθηκε στο ελεύθερο ελληνικό κράτος. Έτσι, στις 17 Αυγούστου 1881 σήμανε η απελευθέρωση για τις περιοχές του Δήμου Αλμυρού που δεν είχαν απελευθερωθεί το 1830.
Με τον ατυχή πόλεμο του 1897 ο Αλμυρός καταλήφθηκε στις 5-5-1897 από τους Τούρκους, οι οποίοι γκρέμισαν και καταλεηλάτησαν σπίτια και μαγαζιά, συλλαμβάνοντας και δολοφονώντας τους κατοίκους. Αμέσως μετά όμως, στις 22-12-1897 με τη συνθήκη της Κωνσταντινουπόλεως η πόλη ελευθερώθηκε οριστικά και άρχισε να ανακάμπτει με ταχείς ρυθμούς. Πλουτίσθηκε και αναζωογονήθηκε με νέους κατοίκους και νέους πολιτισμούς: Βλάχους, Ηπειρώτες, Ρωμυλιώτες, Κουλουριώτες, Σαρακατσαναίους και Μικρασιάτες. Όλοι κάτι είχαν να προσφέρουν πολιτισμικά και οικονομικά, αφού βρήκαν κατανόηση, συμπόνια και ανθρωπιά από τους ντόπιους, έπειτα από τις πολλές ταλαιπωρίες τους.
Στην περιοχή της Σούρπης υπάρχουν πολλά αξιοθέατα από την περίοδο της Τουρκοκρατίας και τα χρόνια μετά την επανάσταση του 1821. Ο Κισλάς (τουρκική λέξη που σημαίνει στρατιωτικός κοιτώνας, κατάλυμα) είναι τούρκικος στρατώνας που δημιουργήθηκε γύρω στο 1840 και βρισκόταν στη Β.Δ άκρη της Σούρπης. Χρησιμοποιήθηκε ως βασικός στρατιωτικός σταθμός των Τούρκων, στα χρόνια 1840-1881, στη συνοριακή γραμμή της ευρύτερης περιοχής. Η Καζάρμα της Σούρπης ήταν στρατιωτικό μεθοριακό φυλάκιο των Τούρκων στη συνοριακή γραμμή (1830-1881), το μόνο που διασώζεται έως σήμερα. Η τουρκική Καζάρμα βρισκόταν στη Πελαλίστρα και απέναντι της, στην από εδώ μεριά του Σαλαμπριά, βρισκόταν η ελληνική, που ήταν μικρότερο κτίριο (σήμερα έχει καταστραφεί) και το υπεράσπιζαν 7-10 στρατιώτες, που ερχόταν από τον ελληνικό στρατώνα του χωριού. Όμως, εκείνη την περίοδο λειτουργούσε και ο ελληνικός στρατώνας, που χρησιμοποιήθηκε από τον ελληνικό στρατό κατά την περίοδο 1830-1881 (μέχρι την απελευθέρωση της Θεσσαλίας δηλαδή).
Στα παράλια της Σούρπης και ειδικότερα στη Μιτζέλα οι κάτοικοί της διακρίθηκαν για τον ηρωισμό τους σε ναυμαχίες που πραγματοποιήθηκαν κατά την απελευθέρωση από τους Τούρκους. Τμήματα του οπλισμού των πλοίων τους (κανόνια κλπ) εκτίθενται στην πλατεία του χωριού. Το χωριό, με τη σημερινή του μορφή, δημιουργήθηκε εκείνα τα χρόνια μετά την επανάσταση και συγκεκριμένα το έτος 1834, όταν πρόσφυγες της Παλαιάς Μιτζέλας του Πηλίου αλλά και από άλλα χωριά της ανατολικής Θεσσαλίας που ήταν υπό Τουρκική σκλαβιά ήρθαν κι εγκαταστάθηκαν στην περιοχή.
Το 19ο αιώνα το κράτος ίδρυσε Τελωνείο στη Μιτζέλα, όπως και στις Νηές. Επίσης στη Μιτζέλα ιδρύθηκε Λιμεναρχείο και Στρατώνας για τη στρατιωτική φρουρά και αργότερα Δημοτικό Ταχυδρομείο. Τον Ιούνιο του 1845 επισκέφτηκε την κωμόπολη η βασιλική οικογένεια. Η πρώτη βασίλισσα της Ελλάδος Αμαλία, προσκάλεσε Βαυαρούς αρχιτέκτονες προκειμένου να επιμεληθούν την αρχιτεκτονική του οικισμού και των κτιρίων της. Στις Νηές ιδρύθηκε και Λοιμοκαθαρτήριο, γιατί οι ταξιδιώτες που αποβιβάζονταν στο λιμάνι μπορεί να είχαν επιδημικές ασθένειες, που θεραπεύονταν απ’ τους γιατρούς, προτού συνεχίσουν το ταξίδι τους προς την ενδοχώρα. Ανάλογη «Καραντίνα» λειτούργησε και στο νησάκι Κίκυνθος στη Μιτζέλα.
Στο παραθαλάσσιο μέτωπο, πηγαίνοντας νοτιότερα προς τον Πτελεό, οι Τούρκοι κατάφεραν να διώξουν τους Βενετούς από την περιοχή και να την κατακτήσουν, παρά το γεγονός ότι αυτοί αγωνίστηκαν απεγνωσμένα για τη διατήρησή των Θεσσαλικών φρουρίων, γιατί δεν ήθελαν να προσκυνήσουν. Όμως, το 1470 ο Σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ τα κυρίευσε και σκότωσε όλους τους άνδρες άνω των 12 ετών, «έλαβε δε και την Φτελιά και το Γαρδίκιον». Ο Σουλτάνος άφησε το Φτελιό και το Γαρδίκι έρημα, μεταφέροντας όλους τους κατοίκους στην Κωνσταντινούπολη, όπου επίσης μετέφερε και όλες τις γυναίκες και τα παιδιά από τον Εύριπο. Η περίοδος της τουρκοκρατίας διήρκησε μέχρι το 1832. Ένα χρόνο αργότερα και με το Βασιλικό Διάταγμα της 15ης Απριλίου του 1833, ο Πτελεός κατατάχθηκε στην επαρχία Φθιώτιδας σαν 3ος Δήμος με 614 κατοίκους και έμβλημά του «πτελεάν και παρ’ αυτήν άντρον» (1870). Ο Δήμος εκείνος είχε τότε 614 κατοίκους από τους οποίους 287 στο Φτελιό, 236 στο Χαμάκου ή Πεθρόν, 37 στους Αγίους Θεοδώρους και 54 στη Γάγκριανη (πρόκειται ασφαλώς για την Γαύριανη). Το 1857 η έδρα μεταφέρθηκε στη Σούρπη και το 1864 ορίστηκαν δύο έδρες του Δήμου. Θερινή στη Σούρπη, χειμερινή στο Φτελιό.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας επικράτησε η τωρινή ονομασία της Βρύναινας. Την συναντάμε μετά το 18ο αιώνα αφού η ονομασία που αναφέρεται στις προηγούμενες χρονικές περιόδους είναι Αγόριανη. Το όνομα Αγόριανη υπάρχει και σε απόφαση τουρκικού δικαστηρίου του Αλμυρού, αντίδικοι του οποίου ήταν τα γειτονικά χωριά Αγόριανη, Κοκκωτοί και Τσιρνοβίτλι. Οι κάτοικοι του χωριού εγκαταστάθηκαν στην περιοχή της Όθρεως μετά το κίνημα του Διονύσιου Φιλόσοφου το 1611 και για ν’ αποφύγουν το μίσος του πασά των Ιωαννίνων. Την περίοδο διακυβέρνησης της Ηπείρου από τον Αλή – Πασά πολλοί μετακινήθηκαν μόνιμα σ’ αυτόν τον τόπο. Το 1528 η Βρύναινα καταστράφηκε από τους Τούρκους, όπως αναγράφεται σε νάρθηκα της Άνω Μονής Ξενιάς.
Η Οθωμανική περίοδος όμως ήταν η καλλίτερη γαι την Ανάβρα. Κατά την Οθωμανική κυριαρχία, κυρίως τον 17ο-18ο αι. η Ανάβρα (Γούρα) γνώρισε τη μεγάλη της ακμή. Την εποχή αυτή θαυματουργεί και αναπτύσσει αξιόλογη δράση σε όλους τους τομείς. Έχει αξιοζήλευτη Τοπική Αυτοδιοίκηση, γίνεται έδρα του Επισκόπου Θαυμακού με επισκοπικό μέγαρο και αναπτύσσει ισχυρή οικονομία που στηρίζεται στην οικοτεχνία της υφαντικής, τη βυρσοδεψία, τη χαλκοτεχνία, τη μεταξουργία, την αμπελουργία κ.α. Την εποχή αυτής της ακμής ο πληθυσμός της αυξήθηκε και έφτασε τις 10.000 κατ., πολλοί από τους οποίους ζούσαν ως νομάδες στα βουνά. Το 1815 όμως υπήρξε μια μεγάλη φυγή κατοίκων λόγω επιδημίας πανώλης που ενέσκηψε. Δύο χιλιάδες άνθρωποι εγκατέλειψαν τη Γούρα, ενώ πολλοί απεβίωσαν. Παράλληλα την εποχή αυτή (1815-1821 προεπαναστατική περίοδο) υπήρχε συνεχής αναταραχή στην περιοχή, καθώς ομάδες κλεφτών και αμαρτωλών την περίοδο εκείνη ενδημούσαν και δρούσαν στην Όθρυ. Έτσι σημειώθηκαν πολλά απελευθερωτικά κινήματα, με κορυφαία αυτά του 1854, 1867 και 1878, που ανάγκασαν τους Γουριώτες να εγκαταλείψουν τον τόπο τους και να μετακινηθούν σε γειτονικές πόλεις (Λαμία, Στυλίδα, Αλμυρό, Χαλκίδα κ.α.).
Μερικές οικογένειες από την Ανάβρα κατέφυγαν στον Δρυμώνα, που ήδη είχε κατοικηθεί από το 1832 από πρώην κατοίκους της Σούρπης. Οι πρώτοι κάτοικοι του χωριού ήλθαν εκείνα τα χρόνια απ’ τα κοντινά προς αυτό χωριά Σούρπη, Βρύναινα, Κοκκωτούς. Μετά τον καθορισμό των ελληνοτουρκικών συνόρων, το 1830, ο Δρυμώνας βρισκόταν στον τουρκικό τομέα και κατά την επανάσταση του 1897 οι κάτοικοι, προκειμένου ν’ αποφύγουν τυχόν δυσάρεστα, εγκατέλειψαν το χωριό και πέρασαν στο ελληνικό έδαφος.
